一艘百多年前的海底沉船隐藏着R国“生命文化研究中心”的惊天计划。这个秘密即将被南山设计院总工程师钟长江发现，与此同时，由南山市社科院江薇研究员发表的一篇《南山石解开生命之谜》论文引发的对生命认知的论战，也同样引起了这个“研究中心”总部的担忧和恐慌。为使“生命文化研究”这部R国的国家机器继续运转下去，总部穷尽所有手段企图阻止惊天计划被挫败。
谁都不知道南山发生的林华大厦工程事故和对生命认知的论战这两者之间的必然联系，当南山人最终理解了“复制人”肖菁和认清了被R国“生命文化研究中心”奉若神明的“近未来法则”包藏着惊天阴谋的时候，人们才看懂南山究竟发生了什么。钟长江、黎素汶还有肖菁、苏秀兰以及画家许灿，他（她）们极不寻常的人生经历成就了不寻常的思想认知——人类在前进，为了前进，人类必须认清自身的社会的世界的和宇宙的本质，这将是极其漫长的精神路程。
本卷以高楼（林华大厦——本市第一高楼）事故为起点，讲述了以苏副市长为首的一群实干家，恪尽职守、埋头苦干、不畏艰险，敢于同“来自人，来自精神层面，来自社会发展必然之力”中的——阻力——抗争，最终挽救了“高楼”的命运，也揭示了人类良知的苦苦挣扎。
肖菁被“变”成“复制人”，这是挽救高楼过程中的“聚合反应”，是所有主人公（正面和反面的）的情感催化剂。肖菁在启蒙老师江薇和杜为（反面人物）逝去之后，在难以想象的理性与躁动博弈中，她的思想开始向现实回归。而真正的“聚合反应”才刚刚开始，——莫洛斯与艾比教授的斗争将越趋白热化。在R国的国家机器加速运转及其利益集团觊觎我国宝贵矿产（神秘的具有医用研究价值的南山石）的历史背景下，以刘明厚为代表的某些“现代人”，与钟长江、苏秀兰、黎素汶等人围绕“揭示高楼事故真相和建设海底迷宫”这一基本事件，展开的人性假与真、丑与美、恶与善的博弈，以及为捍卫崇高而神圣的人类文明国际组织联合全世界正直的科学家与R国“生命文化研究中心”展开的夺取“第三元素”高技能研究成果的科学竞赛，昭示了我们正处在人类发展的关键时期，传统认知与新锐认知的纠缠和博弈正在我们身边发生，只有用科学的信仰和科学的力量才能获取人类进步。